De afdeling NISIP zorgt voor het aansturen van de instandhoudingsdoelstellingen (IHD’s) of de Europese natuurdoelen in het kader van het Natura 2000-programma. Zowel programmatisch als projectmatig wordt het Natura 2000-programma door NISI verder uitgewerkt in Vlaanderen. IHD-projecten, die bijdragen tot meer en betere natuur in Vlaanderen, worden in gang gezet, uitgevoerd en opgevolgd door NISIP.

Een andere kernopdracht van het ANB heeft betrekking tot de handhaving, een taak die wordt opgenomen door de cel Natuurinspectie. Natuurinspecteurs kijken erop toe dat de natuurwetgeving en -reglementering wordt nageleefd. Zowel het toezicht als de actieve opsporing maken deel uit van de handhaving.

Vlaanderen beter beschermen tegen overstromingen uit de Schelde en haar zijrivieren is het uitgangspunt van het Sigmaplan. Tegelijk wordt ook de prachtige Scheldenatuur in ere hersteld. Het Sigmaplan heeft ook oog voor de economische rol van de Schelde, als een van de drukst bevaarde rivieren van Europa.